A Bourne-szankció veszélyes macska-egér játéka után Jason Bourne és félelmetes vetélytársa, Arkagyin, felcserélik a szerepeket: vadászból vad lesz, vadból vadász – és a szálak egyre kuszábbak. Bourne ezúttal Balin tér magához majdnem halálos sérüléséből, ide rejtőzik ismeretlen bérgyilkosa elől, és itt próbálja összerakni ismét széthullóban lévő identitásának darabkáit. Bérgyilkosa után is nyomozni kezd, ám egyre jobban belegabalyodik a titkok hálójába. A CIA közben egy egyiptomi repülőszerencsétlenség felelőseit próbálja megtalálni, és Jason szerelme, Moira is életveszélyes játszmákba kezd. A helyzet több mint kritikus: Bourne lassan rájön, hogy olyan összeesküvés célkeresztjébe került, ami akár a harmadik világháború kitöréséhez is vezethet.
