A rejtélyes gépezet eredetének kutatása során egy titkos kormányügynökség veszélyes felfedezőútra küldi a Ghost I űrhajót és legénységét. Amikor váratlan működési rendellenesség miatt a Ghost I az ismeretlen űr kifürkészhetetlen mélységeibe kerül, a hajó vészjelzése eljut ahhoz az idegen fajhoz, amit a földi legénység keres: az Autobotokhoz. A gigantikus géplények szintén keresnek valamit: a Létszikrát, a szülőbolygójuk, a Cybertron megmentéséhez szükséges eszközt. Ám nincsenek egyedül. Az Álcák, az Autobotok brutális ellenségei saját gonosz céljaik megvalósításához akarják a Létszikrát. Az ősi ellenségek ismét találkoznak, s minden készen áll a végső, nagy csatához, amiben egyetlen cél hajtja a feleket: az ellenség totális megsemmisítése.
